Nfo (Эндонуклеаза IV) представляет собой апуриновую/апиримидиновую (AP) эндонуклеазу, которая гидролизует AP-сайты в ДНК. AP-сайты расщепляются по первой фосфодиэфирной связи, которая находится в 5´-направлении к повреждению, оставляя гидроксильную группу на 3´-конце и дезоксирибозо-5´-фосфат на 5´-конце. Фермент также обладает 3´-диэстеразной активностью и может высвобождать фосфогликольальдегид, неповреждённый дезоксирибозо-5-фосфат и фосфат с 3´-конца ДНК.
Инактивация фермента проводится при 85°C в течение 20 минут