ОПИСАНИЕ ПРОДУКТА Рекомбинантная ДНК-полимераза phi29 — это классический фермент, который предназначен для использования в обычных приложениях изотермической амплификации ДНК при умеренной температуре (на основании активности замещения цепи). Фермент поставляется с оптимизированным высокоэффективным буфером. Пользователь добавляет дНТФ, матрицу и праймеры. Данная полимераза высокоактивно замещает цепи и эффективно катализирует полимеризацию в направлении 5’–3’ при температуре около 4–35 °C. У phi29 присутствует 3’–5’ экзонуклеазная активность, в направлении 5’-3’ - отсутствует. Phi29 может разрушать праймеры, поэтому рекомендуется использовать модифицированные в 3’-положении праймеры для устойчивости к экзонуклеазе. Фермент может инактивироваться нагреванием, устойчив к дУТФ и продуцирует ДНК с «тупыми» концами.
ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ• Изотермическая амплификация ДНК
• Амплификация методом катящегося кольца (RCA)
• Амплификация с множественным вытеснением (MDA)
УСЛОВИЯ ХРАНЕНИЯ1 год при температуре от –24 до –16 °С
СТАНДАРТНЫЙ ПРОТОКОЛ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ ПРОДУКТА1. Размораживают и хранят реагенты на льду. Перед использованием — тщательно перемешивают.
2. Проводят отжиг праймеров / денатурацию путем нагревания реакционной смеси 1 при температуре 95 °C с последующим быстрым охлаждением. Только после этого добавляют смесь 2 с полимеразой phi29.
3. Проводят реакцию при температуре 30 °C. При необходимости оптимизируют ее в диапазоне значений 4–35 °C для каждой системы матрицы/ праймеров.
4. Предлагаемое время реакции составляет 180–360 мин. Для некоторых мишеней при малом числе копий может потребоваться инкубация в течение ночи.
5. В ходе амплификации вязкость раствора может повышаться.
Таблица 1. Реакционная смесь 1Компонент | Объем | Конечная концентрация |
10X буфер Р | 1 мкл | 1× |
Праймеры 100 мкМ (в зависимости от применения, например случайный гексамер, устойчивый к экзонуклеазе) | 1–4 мкл | 10–40 мкМ |
Матричная ДНК (варьируется, зависит от применения) | 1–10 нг | - |
H2O, не содержащая нуклеаз | В количестве, необходимом для доведения объема до 10 мкл | - |
6. Осторожно перемешивают реакционную смесь и осаждают капли со стенок пробирки.
7. Помещают в термостат или прибор для кПЦР для отжига праймеров (таблица 2).
8. Готовят реакционную смесь 2 в соответствии с таблицей 3.
9. Смешивают реакционную смесь 1 с реакционной смесью 2 и инкубируют полученную смесь при температуре 30 °C в течение 3–6 ч для синтеза ДНК.
10. Фермент можно инактивировать путем выдерживания при температуре 65 °C в течение 10 мин.
11. Температура продолжительного хранения реакционных смесей должна составлять –20 °C, а непродолжительного — +4 °C.
Таблица 2. Отжиг праймеров / денатурацияЭтап цикла | Температура, oС | Время | Количество циклов |
Отжиг праймеров / денатурация | 95 | 3 мин | 1 |
Охлаждают на льду или в термоциклере | 4 | 2 мин | 1 |
Таблица 3. Реакционная смесь 2Компонент | Объем/10 мкл реакционной смеси | Конечная концентрация |
10 мМ смесь дНТФ | 2 мкл | 2 мМ |
10X буфер Р | 1 мкл | 1× |
50× краситель Eva Green | 0,4 мкл | 2× |
ДНК-полимераза phi29, 10Ед/мкл | 1 мкл | 1 Ед/мкл |
H2O, не содержащая нуклеаз | до объема 10 мкл | - |
Буфер для хранения и разведения: 20 мМ трис-HCl (pH 7,5), 0,1 мМ ЭДТА, 100 мМ KCl, 0,5 % твин-20, 2 мМ трис-(2-карбоксиэтил) фосфина, 50 % глицерина
Реакционный буфер P (1X): 50 мМ трис-HCl, 10 мМ (NH4)2SO4, 10 мМ MgCl2, 2 мМ трис-(2-карбоксиэтил)фосфина, 0,1 % твин-20 (pH 7,5, 25 °C)
УСЛОВИЯ ХРАНЕНИЯ1 год при температуре от –24 до –16 °С
СмотретьСкачать