СОСТАВ НАБОРАНабор для выделения тотальной ДНК/РНК PuriMag S (далее набор) — это чувствительный набор, позволяющий эффективно выделять из клинического материала как РНК, так и ДНК.
Набор позволяет выделять тотальную ДНК/РНК из образцов объемом до 100 мкл вручную (на магнитном штативе или с помощью центрифуги) или в автоматизированном режиме (с использованием открытых роботизированных станций).
Очистка РНК/ДНК с использованием набора проста, удобна и не требует дополнительных реагентов.
Набор предназначен для исследования 100 образцов объемом по 100 мкл (таблица 1)
Таблица 1. Компонентный состав набора для выделения тотальной ДНК/РНК PuriMag SНаименование компонента | Объем |
Магнитные частицы S | 1 пробирка - 1,5 мл |
Буфер для лизиса STL | 1 банка - 30 мл |
Промывочный буфер I SFW | 1 банка - 30 мл |
Промывочный буфер II SSW | 1 банка - 30 мл |
Буфер для элюции SFE | 1 банка - 12 мл |
ПРИМЕНЕНИЕНабор разработан для экстракции тотальной РНК/ДНК из мазков, соскобов и выделений слизистых оболочек мочеполового, дыхательного и пищеварительного трактов, гомогенизированных образцов тканей, а также из биологических жидкостей (моча, секрет предстательной железы, плазма крови, сыворотка крови, спинно-мозговая жидкость) для последующего исследования методами ПЦР и ОТ-ПЦР, в том числе с детекцией результатов в режиме реального времени.
ПРИНЦИП ИЗВЛЕЧЕНИЯ ДНК/РНКМетодика выделения ДНК/РНК с использованием набора основана на связывании нуклеиновых кислот с магнитными частицами в присутствии хаотропных солей и их последующем элюировании в буфере с низким содержанием солей.
ОСОБЫЕ УКАЗАНИЯ И МЕРЫ ПРЕДОСТОРОЖНОСТИ При работе с реагентами из набора необходимо соблюдать меры безопасности, установленные для соответствующей области клинической лаборатории ПЦР-диагностики.
УСЛОВИЯ ХРАНЕНИЯ И ТРАНСПОРТИРОВКИОт + 2 до +25 °С: 12 месяцев
Набор для выделения тотальной ДНК/РНК в условиях, обеспечивающих его безопасность, можно транспортировать любым видом транспорта в соответствии с применимыми правилами перевозки грузов.
Если внешняя упаковка (картонная коробка) повреждена, но целостность пластиковых элементов упаковки не нарушена, набор пригоден для использования. При повреждении пластиковых контейнеров компонентов набор не пригоден для использования и подлежит утилизации.
Необходимое оборудование и материалы для ручного использования:
• ламинарный бокс;
• термошейкер, сухой нагревательный блок для микроцентрифужных пробирок с температурой нагрева до 65 °C;
• микроцентрифуга для пробирок со скоростью вращения не менее 12 000 об/мин;
• вортекс;
• пипетки с переменным объемом (10–1000 мкл);
• наконечники для пипеток (во избежание перекрестного загрязнения; рекомендуются наконечники для пипеток с аэрозольными барьерами);
• микроцентрифужные пробирки вместимостью 1,5 или 2 мл;
• аспиратор с сосудом-ловушкой для удаления надосадочной жидкости;
• магнитный штатив;
• штативы для микроцентрифужных пробирок вместимостью 1,5 или 2 мл;
• холодильник с морозильной камерой (температура от –24 до +8 ° С);
• одноразовые неопудренные перчатки;
• мбак для отходов;
• дезинфицирующая жидкость, используемая в лаборатории в соответствии с местными требованиями.
При работе с реагентами необходимо соблюдать меры безопасности, установленные для соответствующей области клинической лаборатории ПЦР-диагностики.
Для использования с применением автомизированной рабочей станции: рекомендуется использовать системы типа Nucleic Acid Purifier 16 (Magbio Genomics) или KingFisher Flex System (ThermoFisher).
При работе с РНК/ДНК следует использовать расходные материалы с квалификацией «без РНКазы» и «без ДНКазы».
ПРОТОКОЛ ВЫДЕЛЕНИЯ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ НАБОРАПротокол выделения нуклеиновых кислот с использованием набораСобирают образцы в стерильные пробирки; необходимо немедленно провести извлечение или заморозить образцы при температуре от –20 до –80 °C.
Транспортировка клинических образцов должна осуществляться в соответствии с местными правилами транспортировки возбудителей заболеваний.
• Образцы мочи требуют предварительной обработки в соответствии с общепринятыми методическими рекомендациями. Рекомендуется центрифугировать 1,5 мл мочи со скоростью 10 000 об/мин, слить надосадочную жидкость и ресуспендировать осадок в 90 мкл буфера ТЕ или 0,9 % раствора NaCl.
• Для приготовления экстракта тканей рекомендуется получить 10 % (масс/об) суспензию ткани в 1 мл 0,9 % раствора NaCl, гомогенизировать образец в течение 3 мин при энергичном встряхивании и выполнить центрифугирование в течение 5 мин с максимальной скоростью (10 000–14 000 об/мин). Надосадочную жидкость можно использовать для последующей экстракции нуклеиновых кислот.
• Все остальные образцы необходимо тщательно гомогенизировать с помощью шейкера непосредственно перед экстракцией ДНК/РНК.
Экстракция РНК/ДНК из образцов объемом 100 мкл с использованием магнитной стойки для разделения1. Осадок кристаллов (если имеется) в буфере STL и (или) SFW необходимо растворить путем нагревания до температуры 55–60 °C при осторожном перемешивании. Перед началом процедуры экстракции осторожно ресуспендируют магнитные частицы на шейкере в течение 10 с.
2. Готовят смесь буфера STL, магнитных частиц и внутреннего контроля экстракции (если это требуется конкретным набором для ПЦР) в соответствии со следующим расчетом на одну лунку: 300 мкл буфера STL, 15 мкл смеси магнитных частиц и 10 мкл внутреннего контроля экстракции (если требуется конкретным набором для ПЦР). Полученное содержимое перемешивают на шейкере. Если планируется экстрагировать РНК/ДНК из 100 образцов за один цикл, рекомендуется добавить во флакон с буфером STL весь объем смеси магнитных частиц и внутреннего контроля экстракции.
3. Добавляют 325 мкл (315 мкл, если не используется внутренний контроль) приготовленной смеси (этап I) в микроцентрифужную пробирку вместимостью 1,5 или 2 мл.
4. Добавляют 100 мкл образца в каждую пробирку (см. раздел «Приготовление испытуемых образцов»), добавить 100 мкл буфера SFE в пробирку с маркировкой ОКО (отрицательный контроль выделения).
5. Содержимое пробирок перемешивают на шейкере в течение 5 с и инкубируют при температуре 65 °C в течение 5 мин при постоянном (рекомендуется термошейкер со скоростью 1200 об/ мин) или периодическом перемешивании на шейкере (по 5 с каждые 2 мин).
6. Удаляют капли с внутренней стороны крышки путем кратковременного центрифугирования на минимальной скорости. Помещают пробирки на магнитную стойку для разделения на 60 с. Осторожно удаляют надосадочную жидкость, не касаясь магнитных частиц.
7. Добавляют 300 мкл буфера SFW и перемешивают содержимое пробирок коротким перемешиванием на шейкере в течение 5 с.
8. Удаляют капли с внутренней стороны крышки путем кратковременного центрифугирования на минимальных скоростях. Переносят пробирки на магнитную стойку для разделения на 60 с. Осторожно удаляют надосадочную жидкость, не касаясь магнитных частиц.
9. Добавляют 300 мкл буфера SSW и перемешивают содержимое пробирок коротким перемешиванием на шейкере в течение 5 с.
10. Удаляют капли с внутренней стороны крышки путем кратковременного центрифугирования на минимальных скоростях. Переносят пробирки на магнитную стойку для разделения на 60 с. Осторожно удаляют надосадочную жидкость, не касаясь магнитных частиц. На этом этапе рекомендуется как можно полнее удалить буфер SSW.
11. Осадок сушат в пробирках с открытыми крышками до удаления запаха спирта 5 мин. при 65 °C.
12. Добавить к осадку 100 мкл SFE и перемешать на вортексе 5с.
13. Инкубируют пробирки при температуре 65 °C в течение 5 мин при постоянном (рекомендуется термошейкер со скоростью 1200 об/мин) или периодическом перемешивании на шейкере (по 5 с каждые 2 мин). После завершения инкубации перемешивают содержимое пробирок коротким перемешиванием на шейкере в течение 5 с.
14. Удаляют капли с внутренней стороны крышки путем кратковременного центрифугирования на минимальной скорости.
15. Помещают пробирки на магнитную стойку для разделения на 2 мин. Надосадочная жидкость содержит очищенную РНК и ДНК, готовую для обратной транскрипции и ПЦР.
Для длительного хранения образцов настоятельно рекомендуется переносить надосадочную жидкость в новые пробирки. Допустимые сроки хранения образцов при разных значениях температуры: от +4 до +8 °C — 24 ч; от –24 до –18 ° C — 1 год; –80 °C — длительный период времени.
СмотретьСкачать